关于“人类补完计划”及其内容，一直是“EVA”研究者们争论的焦点，因为这个“计划”是整个故事的基础环节。然而，在动画片中却始终没有给出明确的答案。

比较通行的观点是：人类（无论是肉体还是心灵）都是由脆弱的物质构成的，所以也就非常容易受到伤害，而在人与人之间，心灵的世界是彼此隔绝的，要使人类向更高的领域进化，就必须使人的心灵摆脱躯体的束缚，重新回到人类的诞生之地“莉莉丝之卵”中。

唯有如此，才能最终拆除人与人之间的心灵屏障，使不同的心灵世界能够相互补充，走向进化的终点——成为永生的“神”。

人类补完计划就是为了实现这个神圣目的而创立的。