《湄公河行动》的故事是根据2011年发生的“10·5中国船员金三角遇害事件”改编，电影中的人物全部以“湄公河大案”中的真实罪犯为原型，公安部为本片的道具、装备提供了极为有效的支持，可以说是一部真正意义上让荷尔蒙爆裂的真实又火爆的中国反恐大片，影片开门见山直击惨案现场，通过黑屏、枪声告诉我们惨案的发生过程。

《湄公河行动》讲述了一支行动小组为解开中国商船船员遇难所隐藏的阴谋，企图揪出运毒案件幕后黑手的故事，为了查明“10·5中国船员金三角遇害事件”真相，云南缉毒总队长高刚接受了特殊任务，率领一支骁勇善战的战斗小组进入泰国境内，与潜伏在泰国的情报员方新武碰头，二人联手深入金三角查案，经过调查，发现案件背后果然有着重重疑点，真正的凶手在嫁祸残害无辜中国船员后，不但逍遥法外，更意图利用毒品制造更大的阴谋，二人决定，不惜一切代价也要拿下真凶，打击毒品犯罪，为无辜国人讨回了公道。