硬盘用NTFS ，大容量的闪存(一般>4G)才使用exFAT。exFAT（Extended File Allocation Table，又名FAT64）是一种特别适合于闪存驱动器的档案系统，最先从微软的Windows Embedded CE 6.0导入这种档案系统，再延伸到后来的Windows Vista Service Pack 1桌面操作系统中。由于NTFS档案系统的一些数据格式规定所限，对闪存驱动器而言exFAT档案系统显得更见优势。exFAT比过去的FAT文件系统的优势在于：可扩展至更大磁盘大小 理论的文件大小限制为264字节（16 exbibytes），限制由232字节（4 gibibytes在FAT32） 簇集大小最大可为每扇区2255字节，最大 32 MB 由于采用了空余空间寻址，空间分配和删除的性能得以改进 在单一文件夹内支援超过216个档案 支援访问控制列表（但在Windows Vista SP1中尚未支援）支援Transaction-Safe FAT档案系统 (TFAT)（在WinCE中可选的功能） 提供给OEM的可定义参数可以使这个文件系统适应有不同特点的设备。 时间戳记能够使用UTC时间而不仅仅是本地时区（从Vista SP2开始） 此外，exFAT比NTFS需要较少的磁盘空间开销；试验发现，4GB的闪存驱动器格式化为NTFS使用472MB磁盘空间的开销，而使用exFAT则为96KB。

exFAT比过去的FAT文件系统的劣势在于：某些设备（如PDA、DC）将无法使用exFAT格式的闪存卡。 使用exFAT的设备将不能够使用 Windows Vista的ReadyBoost功能。（Windows 7中的新的exFAT系统支持ReadyBoost 授权方式不明确。不过，微软曾经为FAT文件系统的一部分申请过专利用户可以在Windows XP上添加支援exFAT的修补程序。 NTFS是Windows NT以及之后的Windows 2000、Windows XP、Windows Server 2003、Windows Server 2008、Windows Vista和Windows 7的标准文件系统。NTFS取代了文件分配表（FAT）文件系统，为Microsoft的Windows系列操作系统提供文件系统。NTFS对FAT和HPFS（高性能文件系统）作了若干改进，例如，支持元数据，并且使用了高级数据结构，以便于改善性能、可靠性和磁盘空间利用率，并提供了若干附加扩展功能，如访问控制列表（ACL）和文件系统日志。该文件系统的详细定义属于商业秘密，但 Microsoft 已经将其注册为 知识产权产品。