纪念碑谷有14个章节。分别为第一章，开端，第二章，前庭、第三章，绿洲、第四章，吊桥、第五章，群岛、第六章，码头、第七章，高塔、第八章，远日点、第九章，神圣之门、第十章，植物园、第十一章，讲堂、第十二章，果园、第十三章，眠海之城以及第十四章，瞭望台。

游戏背景

制作方称制作时并没有构思出完整的故事来，这一行为旨在留给玩家更多的思考空间。以下为某一版本小公主艾达因为好奇而盗走了王国的神圣几何，这一看似无害的行为却使得整个王国的人全部灭亡。

明白了自己错误的公主开始了一段归还神圣几何的旅途，请求宽恕和原谅。不过为时已晚，国土中民众的亡灵已经化为乌鸦人，在王国内四处徘徊，被束缚着，无法离开这片土地。小公主艾达身后有巫师的法术，所以不会死亡。

在归还几何体的路途中，遇到了帮手图腾。当艾达公主经过皇家陵墓时，她为国王献上鲜花，痛苦忏悔，誓言要将几何体归还。几何体全部复位后，王国的百姓们看到了小公主艾达的行动，宽恕了小公主艾达。乌鸦人们也变成了五颜六色的小鸟。