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药师兜的一生也很不幸，从小在孤儿院长大，被培养成间谍周转于各个村子，过着一种无情无义随时随地背叛的日子。作为间谍，他不得不收起自己的感情，不能相信任何人。一次任务中兜发现自己最爱的院长竟然忘记自己的模样，于是兜开始重新审视自己存在的意义。后来被大蛇丸收入麾下，将毕生精力致力于研究忍术和医疗术上。

对于大蛇丸，兜最初并不忠诚，一心想要杀死大蛇丸，不过大蛇丸实力远超于他，而且更加狡猾，兜一直都没有机会。后来兜也想成为大蛇丸的容器，不过自身身体却没有什么特殊血继限界，只有靠不断研究才能跟上大蛇丸的步伐。在此期间，兜依然是失去人生信仰的时期，他只有依赖大蛇丸才能活下去。不过后来大蛇丸又佐助杀死，又被鼬封印，从这里开始，大蛇丸就掉线了。

失去了大蛇丸的兜又开始迷茫了，不过他曲解的鸣人的话，认为他可以代表大蛇丸，成为另一个“蛇叔”，于是他利用白蛇使役术躯壳移植到自己的左半身，意图得到大蛇丸的力量，甚至超越他，不过他不知道，自己却被大蛇丸慢慢吞噬。大蛇丸在兜体内存活，也看到了兜所经历的事情，所以大蛇丸再一次上场时候就放弃了毁灭木叶的计划，成功洗白！

总的来说，大蛇丸就是药师兜自从院长死后另一个人生信仰，他们并不是上下级关系，也不是好基友，只是兜依赖于大蛇丸而已。最后兜在伊邪那美的作用下，重新认识了自己，最终脱离了大蛇丸，自己在孤儿院工作，接受了一大批“宇智波信”。

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