很高兴回答这个问题，先说结论：水门更强。

水门没有任何血继限界，没有尾兽之力，没有咒印，没有任何瞳术。水门的全部能力都是靠学习得来的，自创了螺旋丸，尸鬼封尽。改进了飞雷神之术，获得了金色闪光的称号，成为了火影，受木叶后人敬仰，甚至在死后都影响了鸣人的成长。长门呢？绝大多数能力都是依靠轮回眼，几乎没有自创的忍术（可能有，但是我不知道）。接管的晓组织给世界带来了太多的灾难，手上鲜血淋漓，弑师，死后没有任何人怀念他。

再说战斗方法长门的攻击力贼高，神罗天征，万象天引，通灵之术，灵魂拉取，忍术吸收，轮回天生。在攻击力上长门比水门高，不过也没高太多。中间顶多只隔了半个卡卡西。不过如果比速度的话，长门只有被吊打的份。人家飞雷神不管多远，只要有记号就能瞬间到达。所以在速度上水门完虐长门。如果长相对比的话（等等，这和攻击力有什么关系？）水门帅的掉渣，长门长相一般。如果比谁的忍术多的话，记得自来也在集中，说长门基本上所有的忍术都会。而剧中根本就没有提过水门会的忍术有多少。不过剧中提到过水门非常擅长开发忍术。已经开发了不知道多少忍术了，不过还是不知道他会的忍术有多少。

综合以上结论这里姑且比长门弱一些吧。