《绝望篇》的剧情是：

集合了各个领域的超一流高中生，为了培育他们而设立的，政府公认的特权学园“私立希望之峰学园”。这所学园，存在着集中了超高校级的才能的“本科”，以及只要支付高额学费，就谁都可以进入的“预备学科”。不仅是才能，性格也独具个性的本科77期生。

但他们不仅固执于才能，还学习了“人生重要的事物并非是才能，而是经由人际关系打造人格，并制造出回忆”，各自讴歌着如同普通的高中生一般的学园生活。但，随着神秘计划在水面下的执行，学园所带来的学科差别开始横行。

以及，渴望着才能的预备学科的少年·日向创。他所引起的命运的邂逅，将学园、将未来导向了无法预测的方向。这是，直到人类史上最大最恶的绝望事件发生为止的物语。以绝望终结的，希望的物语。