郑商所会员大会是交易所的权力机构，由全体会员组成。理事会是会员大会的常设机构，设理事长1人。理事会由17名理事组成，其中会员理事10名、非会员理事7名。理事会下设监察、小麦交易、交割、财务、调解、会员资格审查、技术委员会等7个专门委员会，理事会办公室是理事会的常设办事机构。

交易所设总经理1人、副总经理2人、总经理助理1人。总经理为交易所法定代表人。

交易所内设综合部、研究发展部、市场一部、市场二部、交易部、交割部、结算部、市场监察部、新闻信息部、法律事务部、计算机工程部、财务部、人力资源部等十三个职能部门。