我也是猜测，毕竟人家也没有说原因。

漫画里有斑说过，长门其实是漩涡一族的人。而漩涡一族的标志就是红颜色的头发。

至于鸣人，他不是正统的漩涡一族的人。爸比是波风水门。

可能水门的基因强大吧，毕竟四代火影，如果不死的话，可能会超越一代或者二代，最起码三代不如。

毕竟曾经和雷影和奇拉比打过的牛逼人物。即便是漩涡一族的力量也不行吧，这样就解释咯鸣人成了黄色头发。

这么想来，长门是漩涡一族的人，他拥有六道眼。加上他是红色头发，六道是普通人。

当他强大的查克拉长期注入佩恩六道体内。也会不知不觉改变他们的体质。也会让发质变化，变成橙皮（橘黄）。