广州大学城坐落在番禺区新造镇小谷围到及其南岸地区，西邻洛溪岛、北望生物岛、东接长洲岛，与琶洲岛瀛洲生态公园隔江相望。它处在“广州城市建设总体战略规划”中确定的城市南拓发展轴的重要节点上，是未来广州的“信息港”。大学城总规划面积为43.3平方公里，其中大学城首期工程—小谷围岛，面积约18平方公里，四面环水，拥有起伏的地形、连绵的水岸、良好的植被、丰富的文物古迹与特色景观。

小谷围岛南岸则为大学城二期工程，约25平方公里。