水母在海洋中的分布极广泛，不同的水母对海水的温度、盐度变化有不同的适应范围。有些种类只能适应一个狭窄的范围内的温、盐变化，因此分布较狭的水母，可以作为水流的指标种。如北极霞水母仅分布在北冰洋，可作为寒流的指标生物。

有些种类的水母有昼夜垂直移动的现象，如八瓣隔膜水母和一种管水母，它们在夜间移动到海水的表层，而在白天则下沉到深层。当它们大量聚集在一起时，就会形成声散射层，阻碍声波在海水中的传递。

不只水母类，海洋中许多种浮游生物，如桡足类的蜇水蚤等，也都有昼夜垂直移动现象，这可能与生物的趋光性有关。