额，你这个问题问的实在是太大了，宇宙中未知的实在太多太多了。

就来说下我知道的比较有意思的未知之谜！

暗物质之谜？

为什么在所有星系边缘的天体的运行速度那么高，而根据我们现有理论计算核心的引力是不能支撑边缘这么快的运行速度，根据计算这些天体都是会飞出星系，为什么没有被甩出？有我们无法观测到的物质，但它可以产生引力，使得边缘天体吸附，这个物质到底是什么？

暗能量之谜？

宇宙起源于类试爆炸的方式，那么宇宙膨胀速度应该逐渐降低，而世纪观测却是加速膨胀，有一种我们无法观测到的力使的宇宙假如膨胀，这个力是什么？

正反物质不对称之谜？

根据宇宙大爆炸理论，宇宙诞生之初正反粒子应该是等量产生，而现实之中，宇宙却都是我们看到的正粒子构成的正物质，反粒子去了哪里？按道理我们也是无法存在的，因为正反物质相等的话，正好都相互湮灭化为纯能量，是什么导致了这种不对称性？而正是存在这样的不对称才有了现在的宇宙，是有意为之？

引力子之谜？

宇宙间四大基本作用力，正是这四大作用力支撑这宇宙，强力，电磁力，弱力，引力！而前三大作用力都已经找到了传播子，但引力至今还没有找到传播子，也就是引力子，它到底存不存在？

超对称之谜？

按照理论每个玻色子都有对应的费米子，反之费米子也一样，但至今也没有确切的实据，而我国建造的大型对撞机，就是想要找出这个可能不存在的超对称。

当然还有，黑洞之谜？黑洞视界内到底是什么？我们不得而之。磁单极子之谜？维度之谜？起源之谜？等等，未知实在太多了