中国民航飞行学院有五个分院，分别是：新津分院、广汉分院、洛阳分院、绵阳分院和遂宁分院。

1、新津分院：中国民航飞行学院新津分院始建于1957年，前身为中国人民解放军空军第十四航空学校第一训练团，是学院最早成立的飞行分院。

2、广汉分院：中国民用航空飞行学院广汉分院，于1993-01-01在德阳挂牌成立，学校地址位于世界最大的大型铸锻钢制造基地---德阳。

3、洛阳分院：中国民航飞行学院洛阳分院坐落于素有“千年帝都，牡丹花城”美誉的历史文化名城洛阳，校区于河南省洛阳市北郊邙山之巅。

4、绵阳分院：中国民航飞行学院绵阳分院位于中国科技城——四川省绵阳市，距市中心真方位167度5公里处。是一所集飞行教学训练与航空运输飞行于一体的从事民航运输机飞行员培训的训练分院。

5、遂宁分院：中国民航飞行学院遂宁分院座落于成渝交通枢纽、有“西部水都、观音故里”美誉的四川省遂宁市，2012年8月经中国民航局批准，于2013年3月在遂宁航站基础上正式组建而成。