第一次冲击：莉莉丝之卵冲击地球，毁灭了原本地球的生命之卵白之月亚当所化的生命，黑之月莉莉丝之卵之后衍生了新的生命人类。
莉莉丝
在TV版和剧场版中均未提及，只有漫画版才有提及。是在远古时期，外来的天体带着生命之卵冲击到了地球，那外来的天体粉碎成为宇宙尘埃，而那生命之卵则留在了地球的地下。经过漫长的岁月原本粉碎的尘埃融合成了月球。之所以这一次是第一次冲击则是因为，在外来天体冲击地球的时候原本地球是有着属于自己的生命之卵的，那就是亚当，冲击的生命之卵则是莉莉丝。因此原本属于亚当所化的生命白之月在第一次冲击中全部死亡。部分带着强大灵魂的人类则化为SEELE(魂之座）。
虽然亚当所衍生的生命（或许是早期的人类，为白之月亚当所化）毁灭了，但是还有十二位使徒存在于世间，这里漫画和TV版有很大的出入，漫画只有十三位使徒，TV版有十八个。而莉莉丝之后也诞生一名使徒。只是前面的使徒都选择了生命之果，只有漫画版第十三位（TV版第十八位）使徒选择了智慧之果，但是因为选择智慧之果的原因AT力场太弱无法维持自身的形态，化为了无数的人类（这些人类由黑之月莉莉丝所衍生）。这里需要注明一点，亚当是第一使徒，莉莉丝是第二使徒。
第二次冲击：拔出了原本插在亚当身上的朗努基斯之枪，导致亚当暴走引发第二次冲击。
在2000年的时候一颗陨石撞击了地球的南极，导致原本在南极冰川下的亚当暴露在世人的眼中。之后人类为了防止使徒溯源和亚当融合引发第二次冲击，拔出了插在亚当身上的朗努基斯之枪，当场便引起了亚当的暴走，虽然当时在把朗基努斯之枪插回去想抑制亚当的暴走却丝毫没有作用。
也因为这一次事件使得亚当的基因和人类的基因产生了连接（也就是生命之果和智慧之果的融合会产生等同于神的力量），产生了反AT力场导致亚当核心破碎，在自爆中灰飞烟灭。而且球上的人类也因此消失了大半都多，而且导致地轴偏转引发更多的灾害。
碇唯之死，引发了碇源堂强烈的复仇欲望和再次见到碇唯的希望，从而不断谋划。
之后人类进化研究所所长碇源堂和碇唯结婚，生下碇真嗣。三年后在人类进化研究所的第一次EVA驾驶试验时，碇唯灵魂被EVA初号机吸收，肉体则溶解在了LCL液体中。碇源堂便是从中提取出了样本制造出绫波丽用来保存莉莉丝的灵魂。
之后碇源堂加入seele，开始解析人类补完计划和死海文书，从中找到了复仇和再次见到唯的方法。
在这里我给大家说一下seele的计划—人类补完计划。seele认为是莉莉丝之卵引发的冲击毁灭了原本是亚当之卵所衍生的人类。因此seele认为黑之月莉莉丝诞生的人类是虚伪的地球的主人，只有白之月亚当诞生的人类才是地球真正的主人。而白之月的人类已经消失，因此只要让拥有生命果实的使徒和拥有智慧果实的人类融合就能引发冲击，消灭莉莉丝诞生的使徒人类，让万物重新归于莉莉丝之卵。
而碇源堂的计划（简单来说）分为两步，第一步，初号机觉醒；第二步，让自己融合亚当的躯体，引发冲击。
碇唯原本就是seele的成员，但是唯并不赞成seele的观点，就是让人类回归莉莉丝，融为一体，不过却也赞成seele的表面观点防止第三次冲击。而碇唯真正的目的是研究利用EVA的技术让人类永生。而之所以唯的灵魂会被初号机吸收，其实有很大的原因是唯自己不想出来。因为在实验开始之前赤木直子制定过完整的解救方案，但是却失败了，当然只从这一点是看不出什么的，我们在看初号机和力天使的战斗，那时候碇真嗣也是被融入了初号机中，但是因为唯的灵魂和碇真嗣进行了交流，让真嗣主动脱离了EVA。也就是说凭借个人的意志是可以脱离EVA的，而唯没有出来只是因为她不想出来。
而之后碇唯数次解救碇真嗣，并且吞噬了第十四使徒得到S2机关获得无限动力。此时的EVA初号机已经完全觉醒，类似于神的存在。
而同时seele也找到了亚当，亚当在引发第二次冲击之后失去了光之巨人的体型，seele找到亚当之后还原了亚当，让他成为了胚胎形状。之后加持把胚胎状的亚当带给了碇源堂，被碇源堂吃了。
而这之后seele开始对NERV展开剿灭行动，让获得亚当灵魂的渚薰成为第五驾驶员，进入NERV总部，接近莉莉丝，试图提前引发冲击。但是渚薰和碇真嗣之间产生了莫名的感情，渚薰并没有和莉莉丝融合，她选择让碇真嗣杀死自己。而后seele和NERV撕破脸皮，seele让战自派进攻NERV总部，试图夺走莉莉丝。
之后大家都知道了，碇真嗣驾驶EVA初号机，完全觉醒。碇真嗣试图用自己的融合亚当的部分和绫波丽中的莉莉丝灵魂融合。结果绫波丽拒绝了碇源堂，选择解放碇真嗣。
之后人类补完计划完全展开，所有的黑之月诞生的人类化为LCL液体归于莉莉丝。在这里有两个结局：一个是漫画版的结局，人类归于莉莉丝之后，碇真嗣再次见到了她的父亲和母亲，不同的是碇源堂没有了那种无情和冷漠，只有微笑和陪在唯身边的满足感。而碇唯依然如记忆中的母亲一般美丽慈祥。之后，世界重启，人类重新回归大地。
第二种结局是TV版结局，人类化为了LCL液体重归莉莉丝，只有拒绝补完的碇真嗣和明日香没有消失，之后碇真嗣认为明日香不来救自己，厌恶明日香同时也厌恶这冰冷的世界，差点杀死明日香（掐住明日香的脖子），而明日香没有反抗，只是淡淡的说了一句：“你真恶心”。